Důležitou součástí našeho obranného systému je také trávicí trakt. Jeho roli ovšem z neznalosti často podceňujeme. Ve střevě probíhá nejen trávení potravy,ale také celá řada dalších funkcí. Velice důležitou roli při vytváření skutečné obranné linie proti vnějším vlivům hraje právě střevo. Na obranné funkci střeva se zúčastňují střevní mikroflóra, střevní sliznice a střevní imunitní systém.
Probiotika brzdí rozmnožování nežádoucích škodlivých mikroorganismů vyskytujících se ve střevě, resp. přímo usmrcují tím, že:

• produkují bakteriostatické a bakteriocidní látky
• soutěží s nimi o nutriční živiny (výživové látky, vitamíny, růstové faktory)
• produkují kyselinu mléčnou, čímž snižují střevní pH, a tak přímo působí proti patogenním a potenciálně patogenním mikroorganismům

Probiotika tímto způsobem zajišťují obranu proti širokému spektru střevních patogenů, jako jsou bakterie z rodu Salmonella, Shigella a jiné potenciální patogenní bakterie, Clostridium, Helikobacter anebo kvasinky Candida albicans.

Jelikož probiotika udržují správné složení střevní mikroflóry, přispívají k příznivému a rovnovážnému stavu slizniční a následně pak celkové imunity. Přibližně 70% lidského imunitního systému se nachází právě ve střevě. Proto kontakt se škodlivými mikroorganismy zde může vyvolat silnou zánětovou reakci. Vychytávání imunitních buněk v místě zánětu je nutné důkladně kontrolovat, aby se zabránilo vzniku závažného onemocnění. Mechanismus pozitivního účinku probiotickýchbakterií tkví v kontrole migrace imunitních buněk do místa zánětu. Tak nás probiotika ochraňují před nerovnováhou, která vede k poruchám tolerance a přispívá ke vzniku alergií a autoimunitních onemocnění.