Tím ovšem společné vlastnosti končí. Chlorellu jako řasu bychom zařadili mezi jednoduché rostliny, zatímco sinice Spirulina by patřily spíše do skupiny bakterií. Ve zpracované usušené a rozemleté formě můžeme spirulinu dobře strávit, zatímco neupravenou, byť usušenou chlorellu ne, protože její buněčná stěna je tvořena celulózou, kterou lidský organismus neumí strávit. Z tohoto důvodu je nutné při zpracování chlorellu velmi jemně namlít (tento proces rozrušení buněčné stěny je označován jako dezintegrace). Na tuto okolnost je si třeba dát pozor při nákupu přírodních přípravků s chlorellou. Je třeba koupit takovou, která prošla procesem dezintegrace a je zbavená zbytků celulózy z buněčných stěn. Naproti tomu buněčné stěny spiruliny na rozdíl od chlorelly jsou tvořeny polysacharidy, které se bez problémů rozkládají v našem žaludku za pomoci trávicích enzymů. Z tohoto důvodu není třeba mlít spirulinu na tak jemný prášek jako chlorellu.

U obou látek jsou rozdíly i ve složení. Chlorella má na rozdíl od spiruliny vysoké množství vitaminu K, obsahuje fosfor, tryptofan či kyselinu pantotenovou, které ve spirulině nejsou. Spirulina obsahuje naopak již zmíněný fykocyanin, látku, která s dalšími látkami, jako je železo, kyselina listová či vitaminem B12, podporují zdravou krvetvorbu. Tudíž je vhodnější pro nemocné s anémií (chudokrevností). Chlorella je lepší u regenerace či doplnění živin, detoxikace organismu, pomáhá při diabetu, spirulina je zase o něco vhodnější pro posílení vitality, nárůst svalové hmoty, zvýšení metabolismu, pozitivně působí na gastrointestinální trakt a je užitečný doplněk při dietních kůrách. Obě mají společné to, že zvyšují odolnost vůči infekcím a virům, fyzickou i psychickou výkonnost organismu, regulují hladinu krevního tlaku, cukru a cholesterolu v krvi.